淘气小女孩雨果与父亲赌气后离开家，再次回到神秘世界寻找老朋友“啦啦”和“熊大叔”。在雨果和熊大叔、啦啦为重逢而喜悦之时，一个巨大的危机也悄然袭来，所有喝过水的生命都变小了。
原来是地下宫殿的鼠族首领番薯，偶然发现了远古的预言，它在危机爆发前吩咐鼠民囤聚了活水，它企图借助这个危机将其它生命变为鼠族的奴役。
在番薯的儿子米粒的帮助下，雨果、啦啦、熊大叔得知找到水的源头可以解除危机，三个好朋友踏上了拯救家园的艰难旅途，一路之上，他们与鼠族军队斗智斗勇，并与米粒和大脸怪成为了朋友。危机时刻，米粒让番薯觉醒，他最终放下内心的仇恨，决定与神秘世界的族民共同守护美丽的家园。不过这也正常，这座城市里还活着的人类这段日子以来，基本上把城里大部分超级市场都搬空了，如今在城里寻找食物是越来越难了，有点本事的人都开始把眼睛瞄到城里的各种怪物身上，只要能猎杀一只，以这些怪物巨大的身体，足够一个人吃上十天半个月的了。
